Die israelitische Gemeinde hatte schon am 18.08.1837 ihre neue unter großen persönlichen Opfern der Rexinger Juden erbaute Synagoge einweihen können. Nach Genehmigung des Neubaus der Kirche durch das königlich württembergische Kameralamt wurde am 28. Mai 1838 im Pfarrgarten hinter der alten Kirche mit den Grabarbeiten begonnen. Am 16. Juli 1839 konnte der Grundstein der neue Kirche vom Ortspfarrer Franz-Josef Hornung und Schultheiß Lorenz Asprion in Anwesenheit von Dekan Roll aus Horb gelegt werden. Die Einweihung fand am 22. Mai 1848 statt.

Ab 1939 erfolgte eine grundlegende Umgestaltung der Rexinger Kirche. Unter dem Vorsitz des damaligen Ortspfarrers Johann Baptist Forster zum hundertjährigen Kirchenjubiläum dem Inneren der Kirche eine „zeitgemässere Gestaltung“ gegeben.  Im Jahre 1953 wurden drei neue Kirchenglocken angeschafft. Im Jahr 1963 wurde die Kirche mit farbigen Kirchenfenstern ausgestattet. Eine weitere Renovierung wurde in 2014 durchgeführt.

(Auszug Broschüre Rexingen Katholische Pfarrkirche St. Johannes Baptist von Adolf Sayer/Dieter Hellstern 2010 Hrsg. Kath. Kirchengemeinde Rexingen)